Pasó a Chacarita Juniors donde ascendió y, a causa de sus buenas actuaciones, fue vendido a Newell's Old Boys de Rosario, en 2008, club con lo que logró buenos rendimientos que le dieron la posibilidad de jugar en la Selección Argentina, y además fue subcampeón con el conjunto rosarino del Apertura 2009.
[1] Debutó oficialmente con la camiseta azul y oro, con el número 13, el domingo 8 de agosto de 2010, frente a Godoy Cruz por el Torneo Apertura: el partido finalizó 1-1.
Para la fecha siguiente y contra Tigre, Juan Manuel utilizó una máscara de protección nasal, la misma que utilizó el histórico Martín Palermo en el superclásico del Torneo Apertura 2009.
Ya en 2012 y en la fecha 9 del Torneo Clausura, marco el empate transitorio ante Argentinos Juniors, en un partido en el que el conjunto Xeneize vencería a los de la Paternal por 2 a 1.
El 2 de octubre del mismo año, marcó su primer gol tras su regreso al conjunto xeneize en un partido frente a Tigre, encuentro correspondiente a la quinta fecha del campeonato de Primera División 2016-17 y que terminó igualado 1 a 1.
El defensor argentino firmó por dos años con el conjunto albo, en lo que será el quinto equipo de su carrera, convirtiéndose en el tercer refuerzo del campeón chileno después de Brayan Cortés y Carlos Carmona.[9][10].
[13] El 28 de abril de 2010, volvió a ser citado por Diego Maradona, esta vez frente a Haití en Cutral Có, duelo donde inició como titular y jugó los 90'.