Juan Manuel Guillén hizo sus estudios primarios en la Escuela N° 9513 y N° 951 y los secundarios en el Colegio Nacional Independencia Americana, desde 1968 a 1972, Realizó sus estudios universitarios en la Universidad Nacional de San Agustín, obteniendo los grados de Bachiller en Letras y de Doctor en Filosofía.

Ha sido docente, Director de Programa y Rector (en dos periodos: 1989-1993 y 1994-1998) de su alma mater.

Durante su gestión se realizó y se inauguró el Estadio Universidad Nacional San Agustín Enfrenta dos investigaciones por presuntos delitos de corrupción de funcionarios, por las obras realizadas durante su gestión: el puente Chilina y la autopista Arequipa - La Joya.

Convertida su agrupación en Movimiento Regional Arequipa Tradición y Futuro, en las elecciones de noviembre del 2006 postuló y ganó la Presidencia del Gobierno Regional Arequipa.

Ganó también la reelección en las elecciones regionales y municipales del Perú de 2010 por la alianza electoral Alianza por Arequipa.