Con posterioridad, sin embargo, evolucionó hacia posturas más moderadas y entraría en conflicto con el régimen.

[3]​ En los primeros tiempos formaría parte del triunvirato que dirigía el Sindicato Español Universitario junto a Manuel Valdés Larrañaga y Luis Zaragoza,[4]​[5]​ y posteriormente actuó como jefe del SEU por Madrid.

Herido durante el asalto republicano al acuartelamiento, logró huir y acabaría refugiándose en la embajada de Chile.

[12]​ Tras permanecer un tiempo refugiado en la embajada chilena Juan Manuel Fanjul consiguió llegar hasta la zona sublevada,[13]​ donde desempeñaría diversos cargos de responsabilidad.

[19]​ Franco, sin embargo, no tomó ninguna medida en ese sentido; muy al contrario, Fanjul acabaría siendo expulsado del partido único y de la «Vieja Guardia».

[21]​ En 1967 se presentaría en Madrid como candidato independiente durante los comicios para elegir a los procuradores en Cortes por el Tercio familiar.