Debutó en las mayores en 2013 con los New York Mets, y es reconocido principalmente por su defensa, por lo que ganó un Guante de Oro de la Liga Nacional en 2014 y el Premio Fielding Bible como jardinero central el mismo año.

En 2011 inició la temporada con este último equipo, y eventualmente fue promovido a los Binghamton Rumble Ponies de Clase AA.

Finalizó la temporada con promedio de .281 en 416 turnos al bate, participando en un total de 116 juegos donde registró 117 hits, 47 impulsadas, cuatro jonrones, 20 boletos y 46 carreras anotadas.

Finalizó la temporada participando en 143 juegos con el equipo, donde registró promedio de .259 con 114 hits, 41 inpulsadas, seis jonrones, 16 boletos y 47 carreras anotadas.

[10]​ En total, registró promedio de .250 con tres jonrones y 15 impulsadas en 252 turnos al bate.

El 17 de mayo de 2018, Lagares se rompió la placa plantar del dedo del pie mientras intentaba atrapar un elevado, lo que requirió cirugía.

[11]​ En 2019, registró un bajo promedio de .219 con cinco jonrones y 27 impulsadas en 258 turnos al bate.