Durante este último conflicto cayó prisionero del ejército chileno pero escapó y tras pasar por Ecuador donde, tras su derrota en Yungay, se encontraba Santa Cruz regresó a Bolivia con la misión de trabajar en el regresó del derrocado presidente y ex protector de la Confederación.

Dado que Pérez nunca abandonó sus simpatías por Santa Cruz conspirando continuamente en su favor fue enviado fuera del país como edecán de la legación boliviana en Perú, país donde permancería hasta 1846.

Durante los años siguientes su vida estaría vinculada a las distintas revoluciones y contrarevolucioens en la inestable república boliviana siendo desterrado nuevamente y regresando igualmente al país otras tantas veces.

El General Pérez se ubicó en el centro del “Grau”, montando su caballo, y en algún momento de la batalla recibió un balazo en la cabeza.

Según el historiador Roberto Querejazu Calvo el General Pérez no murió en la batalla.