Se desplazó a Madrid y desde 1851 trabajó en el Museo de Ciencias Naturales.
En 1854 obtuvo el grado de Bachiller en Medicina y Cirugía por la Universidad Central.
Participó también en las campañas para realizar el Mapa Geológico de España, y fue amigo del político Pascual Madoz.
Viajó, junto con otros naturalistas, por Canarias, Cabo Verde, Brasil, Uruguay, Argentina, Chile, Bolivia, Perú y Ecuador.
Cuando se ordenó la suspensión de la expedición científica, al enfriarse la relación entre los países del pacífico con su antigua metrópoli, Isern, junto con Francisco de Paula Martínez y Sáez, Marcos Jiménez de la Espada y Manuel Almagro, decidieron seguir sin contar ya con la ayuda oficial y continuaron su trabajo en el territorio americano, durante el cual Isern contrajo una enfermedad tropical cuando exploraba el río Napo, por la que falleció el 23 de enero de 1866 en Madrid, dos semanas después de haber llegado a la Península.