Entonces lo nombraron encargado de la hospedería, y sirvió a los visitantes como si fuese el mismo Cristo.
El año 503 algunos monjes rebeldes obligaron a san Sabas a abandonar la laura y Juan se retiró durante seis años al vecino desierto de Ruba, junto al Mar Muerto; solo volvió cuando lo hizo san Sabas, el año 510.
Vivió todavía cuarenta años recluido en su celda, provista solo de una diminuta ventana, y aunque tenía fama de callado, su santidad atraía a los visitantes y comprendió que no debía negarse a quienes necesitaban consejos, entre ellos el que sería su biógrafo,[1] Cirilo de Escitópolis, quien escribió que el santo estaba lúcido aún a sus ciento cuatro años.
Juan Hesicasta le aconsejó que entrase en el monasterio de San Eutimio, pero no lo hizo e ingresó en uno a la ribera del Jordán, donde contrajo una fiebre que lo puso a las puertas del sepulcro; Juan se le apareció en sueños y tras reprenderlo fraternalmente le dijo que en el monasterio de San Eutimio recobraría la salud y el favor de Dios.
A la mañana siguiente, restablecido por completo, Cirilo partió al monasterio de San Eutimio.