Hijo del poeta y diplomático Juan Guzmán Cruchaga y de Raquel Tapia Caballero (hermana del pianista Arnaldo Tapia Caballero), Juan Guzmán Tapia nació en El Salvador, donde su padre se encontraba desempeñando labores diplomáticas; irónicamente su padrino fue el dictador salvadoreño Maximiliano Hernández Martínez.

Desde temprana edad pudo conocer en persona a algunos de los más destacados escritores e intelectuales latinoamericanos y europeos del siglo XX, tales como Pablo Neruda, Gabriela Mistral, Miguel Ángel Asturias, Jorge Luis Borges, Rafael Alberti, Juan Ramón Jiménez, Saint-John Perse, Eduardo Zamacois, Germán Arciniegas, Hernán Díaz Arrieta (Alone), Benjamín Subercaseaux, Daniel de la Vega, Jorge Rojas y Hugo Lindo, entre muchos otros.

En 2001 se abrió un nuevo proceso contra Pinochet, que fue sobreseído definitivamente por motivos de salud (fallo confirmado en 2002).

Guzmán se retiró en 2005 y ese mismo año publicó sus memorias Au bord du monde.

Otras obras suyas son La sentencia (1996) y Código de ética profesional del abogado (1998).

En septiembre de 2013, al cumplirse 40 años del golpe militar, recibió junto a los juristas españoles Joan Garcés y Baltasar Garzón el Premio Homenaje a la Justicia, otorgado por la Fundación Charles Horman.