Juan Gutiérrez se inició en las divisiones inferiores de Colo-Colo en 1977, club en el que debuta como profesional el año 1983.
Después de dejar Colo-Colo siguió su carrera en Unión Española en 1989, para luego jugar en el Atlético Morelia de México durante tres temporadas.
De vuelta en Chile jugó en Coquimbo Unido y se retiró del fútbol profesional en Audax Italiano a los 30 años en 1994.
En 2002, vuelve a Colo-Colo y asume como jefe técnico de las series menores hasta 2008 cuando fue despedido del club.
[1] En 2012 asume como nuevo director deportivo de Colo-Colo, cargo que ocuparía hasta 2015.