En la Arquidiócesis de Chihuahua ocupó numerosos cargos, entre los que están: vicario cooperador de Delicias de 1972 a 1976, vicario pastoral de la zona Camargo de 1975 a 1976, pro vicario general en 1977, secretario del Consejo Presbiterial de 1976 a 1982, capellán de las Hermanas del Hospital Central, vicario de pastoral y vicario ecónomo en Lázaro Cárdenas de 1976 a 1982.

Párroco en Saucillo de 1982 a 1992, y vicario General de la Arquidiócesis de Chihuahua de 1992 a 1995, esté último cargo, por nombramiento del arzobispo José Fernández Arteaga.

El 17 de noviembre de 1995 el papa Juan Pablo II elevó la hasta entonces Prelatura de Madera a la nueva Diócesis de Cuauhtémoc-Madera y nombró el mismo día a Juan Guillermo López como su primer obispo.

Recibió la ordenación episcopal el 15 de diciembre siguiente; fungiendo como consagrante principal el entonces nuncio apostólico en México, Girolamo Prigione, y como co-consagrantes José Fernández Arteaga, arzobispo de Chihuahua y Renato Ascencio León, obispo de Ciudad Juárez.

El 30 de agosto de 2021 fue anunciado que había resultado positivo a la enfermedad por coronavirus, y fue traslado a la ciudad de Chihuahua para su internamiento hospitalario;[1]​ falleciendo a consecuencia de dicho padecimiento el 8 de septiembre siguiente.