Fue elegido por elección popular para integrar el Senado de Colombia.

[1]​ Ángel Mejía reemplazó al ministro saliente Jorge Ramón Elías Nader como Presidente del Senado de la República de Colombia en 1994.

En 1990 es elegido senador principal, siendo reelecto tras la revocatoria en diciembre de 1991, y para un segundo periodo completo en 1994.

Gracias a su férrea defensa del presidente César Gaviria adquirió gran notoriedad, y fue elegido presidente del Senado para el periodo 1994-1995, correspondiéndole dar posesión de la presidencia de la República a Ernesto Samper.

[cita requerida] Juan Guillermo Ángel Mejía se desempeñó como último Gerente del Periódico La Tarde, de la ciudad de Pereira.