Ocupó diversos cargos en la Conferencia Episcopal de Chile, llegando a ser su presidente en 1975.

También desempeñó cargos en el CELAM y fue visitador del Seminario Pío Latino de Roma.

Monseñor Juan Francisco Fresno Larraín cumplió un rol destacado durante un momento crítico como lo fue en el régimen militar de Augusto Pinochet.

Monseñor Fresno reúne a políticos de diversas tendencias para buscar una salida democrática al país, quienes firmaron el llamado Acuerdo Nacional.

El mismo pontífice proclamó beata en el Parque O'Higgins a la religiosa carmelita descalza sor Teresa de Los Andes.