Juan Felipe fue el primer hijo del duque Federico Guillermo I de Sajonia-Weimar y su segunda esposa, la condesa palatina Ana María de Wittelsbach, hija primogénita del duque Felipe Luis del Palatinado-Neoburgo y de Ana de Cléveris.

Esta última, hija del duque Guillermo V el Rico y de la archiduquesa austriaca María de Habsburgo.

Sin hijos varones, Juan Felipe fue sucedido por su hermano menor Federico Guillermo.

Juan Felipe estaba casado con Isabel de Brunswick-Wolfenbüttel.

El matrimonio tuvo una hija: En 1613, Juan Felipe fue rector de la Universidad de Leipzig.