[5]​ Cuando los jefes realistas, según las crónicas independentistas, se amotinaron, Quiroga los enfrentó y mató a varios de ellos, usando como maza los mismos grillos que llevaba puestos.

Tras eliminar en un duelo a Miguel Dávila en la batalla de El Puesto, Facundo Quiroga accedió provisionalmente al gobierno provincial.

Si bien renunció a este unos meses después, desde entonces se mantuvo como el caudillo indiscutido de los riojanos.

Hasta ese momento, Facundo era un militar destacado con cierta inclinación a imponer su voluntad sin consideraciones, pero de ninguna manera un caudillo violento o sanguinario, como lo sería posteriormente.

Su política fue decididamente centralista y pretendió imponer su voluntad por la fuerza a los gobiernos provinciales opositores despreciando a los caudillos como Quiroga; esto y las actividades punitivas contra los federales del general tucumano unitario Aráoz de Lamadrid hizo que, durante plena guerra Guerra del Brasil, cuando Argentina requería el máximo de cohesión, Quiroga se encontrara forzado a liderar la rebelión de las provincias del interior ante el centralismo porteño.

[7]​ En la provincia de Catamarca estuvo por iniciarse un enfrentamiento interno en 1825, entre el gobernador Gutiérrez y los partidarios del exgobernador Eusebio Gregorio Ruzo, entre quienes se encontraban los Molina, Soria, Correa y Acuña, que se pudo evitar por la mediación de Quiroga, el cual figuró como garante entre el gobernador Manuel Antonio Gutiérrez y sus opositores.

Pero Gutiérrez violó el acuerdo, reiniciando la guerra civil y provocando la intervención del caudillo riojano en su contra.

Sin levantarse, garabateó en la primera hoja "Despachado" y envió al diputado porteño de regreso a Buenos Aires.

Como la legislatura se negó al pago de esa indemnización, le escribió: Ante la amenaza cobró lo exigido sin problemas y colocó un gobierno federal en Tucumán.

Paz venció un efecto de guerra psicológica en sus principales encuentros con Quiroga ya que las huestes de Quiroga -debido a su carácter aguerrido- llegaron a ser mitificadas como "capiangos" (seres mitad hombres mitad tigres -o yaguaretés-).

Quiroga huyó hacia Buenos Aires, mientras Paz invadía las provincias que el riojano había dominado y formaba la Liga Unitaria o Liga del Interior, de la cual Paz era el jefe militar y político.

El general Lamadrid, que no había podido enfrentar a Quiroga en la batalla, fue nombrado gobernador de La Rioja, mientras Villafañe se exiliaba en Chile.

También a saquear los bienes de Quiroga, entre ellos, los "tapados" de dinero (bolsas enterradas en medio del campo, en lugares conocidos solo por el dueño), a los que accedió por medio del soborno y la tortura.

Dado que el gobernador porteño junto al santafesino Estanislao López estaban invadiendo Córdoba, solo pudo poner a su disposición unos 450 delincuentes y vagos de la cárcel.

[9]​ Ocupó la villa de Río Cuarto después de una violenta batalla, y poco después derrotó sobre el río Quinto al coronel Juan Pascual Pringles, que fue muerto por un oficial ante quien no se quiso rendir.

Unos días más tarde, recibió la noticia de que su mejor amigo, el general Villafañe, había intentado regresar desde Chile.

Por su parte, Paz fue capturado por las fuerzas de Estanislao López, y el mando pasó a Lamadrid.

Mientras Rosas logró mantener buenas relaciones con ambos, Quiroga y López comenzaron a tener problemas.

En primer lugar, Quiroga pretendía tener algún derecho sobre Córdoba, donde López había nombrado gobernador a un federal de su mayor confianza, José Vicente Reinafé, que junto con sus hermanos formaba un clan que gobernaría la provincia por algo más de tres años.

[12]​ Quiroga pasó los siguientes años en Buenos Aires, donde desempeñó un papel relevante: allí se debatía si el país debía darse o no una Constitución federal.

En Buenos Aires, Quiroga se dedicó a la administración de la estancia que compró en San Pedro.

En esa misma zona viven aún sus descendientes, entre los cuales varios heredaron su nombre completo de Facundo Quiroga.

Se dedicó a mediar para lograr una serie de tratados entre las provincias del norte, entre cuyas cláusulas figuraba la autonomía jujeña.

Iniciado su camino de regreso a principios del año siguiente, tuvo nuevos avisos sobre que había planes para asesinarlo.

[16]​ Tal vez fue asesinado por venganza, pero también para favorecer a Estanislao López; si fue así, el plan fracasó por completo: López perdió el control de Córdoba y Entre Ríos, y también mucho de su prestigio.

En respuesta a la clásica posición mayoritaria de las Academias -sostenida hasta el presente- los historiadores revisionistas del siglo XX crearon otra, de tendencia opuesta pero minoritaria, en la cual Facundo Quiroga aparece cruel solo por necesidad.

Cuatro tapaos con pinta de muerte en la negrura arrastraban seis miedos y un valor desvelado.

El General Quiroga quiso entrar en la sombra llevando seis o siete degollados de escolta.

Esa cordobesada bochinchera y ladina (meditaba Quiroga) ¿qué ha de poder con mi alma?

Pero al brillar el día sobre Barranca Yaco sables a filo y punta menudearon sobre él; muerte, de mala muerte se lo llevó al riojano y una de puñaladas lo mentó a Juan Manuel.