Fue el cuarto jugador más joven en la Liga Americana ese año.
Lideró a los Cardenales en partidos jugados (153) y turnos al bate (557), fue tercero en carreras anotadas (74), segundo en hits (155), cuarto en dobles (25), empató el primer lugar con Aaron Miles en triples (5 ), empató en el cuarto con Jim Edmonds en jonrones (19), tercero en carreras remolcadas (79), tercero en bases totales (247), empató en el octavo con Chris Duncan en bases por bolas (30), tercero en ponches (86), sexto en robos (6), segundo en atrapado robando (5), 11º en porcentaje de embasarse (.317), sexto en promedio de slugging (.443) y séptimo en promedio de bateo (.278).
Más tarde se supo que volvió a su casa en República Dominicana después de la Serie Mundial para atender un asunto relacionado con su hijo.
[4] La temporada 2007 marcó el décimo año de Encarnación en las mayores y su segundo con los Cardenales.
Antes de la temporada, tuvo una cirugía en su muñeca izquierda, y estuvo indispuesto para la jornada inaugural.
Poco después, Encarnación fue asignado al equipo Doble-A Springfield Cardinals para que se rehabilitara.
Paletta también dijo que el globo ocular no se había roto.
En julio de 2009, una noticia dominicana informó que Encarnación se estaba organizando para hacer una carrera política y convertirse en un senador de la República Dominicana, representando a su provincia natal San Juan.
Louis Post-Dispatch informó más tarde que los rumores dominicanos carecían de fundamento y sin mérito, y que en su lugar Juan había estado trabajando en su fundación, Juan Encarnación Foundation.