La experiencia de la guerra civil española marcó para siempre a Juan Eduardo Zúñiga.

Siguió la novela corta Inútiles totales (Madrid: Talleres Gráficos de Fernando Martínez, 1951), una narración barojiana ya con su característico estilo alusivo y que fue su aportación personal a la tertulia que entre 1945 y 1953 se reunía las noches de los sábados en el café Lisboa de la Puerta del Sol, integrada además por Arturo del Hoyo, su esposa Isabel Gil de Ramales, Vicente Soto, Francisco García Pavón, José Corrales Egea, José Ares Montes y Antonio Buero Vallejo, entre otros.

[6]​ Además siguió publicando numerosos cuentos en revistas como Ínsula, Índice de Artes y Letras, Acento, Triunfo y Sábado Gráfico, varios de ellos no recogidos en libro.

La novela El coral y las aguas (1962), en pleno auge del realismo testimonial, pasó desapercibida, pero resulta ser una denuncia alegórica de la dictadura emplazada en una Grecia remota e imaginaria.

Durante los setenta aparecieron relatos suyos en revistas como El Urogallo o Ínsula, y además prologó una antología del cuento universal titulada Relatos de siempre (Santillana, Biblioteca Pepsi, 1979).