[1] En 1825 el gobierno mexicano decreto que los impuestos debían ser pagados por todos los habitantes de México, lo cual incluía a los pueblos indígenas, esto levantó mucha indignación entre los indígenas de Sonora, que no se sentían parte del recién creado estado.
Banderas rápidamente convocó y fue capaz de convencer a los mayos, ópatas y pimas para unirse a la guerra contra los mexicanos, convirtiéndose en su líder durante parte de los Levantamientos Yaquis, concretamente desde 1825 hasta 1833.
Banderas negoció luego una paz en la que fue indultado y se convirtió en el capitán general de los pueblos yaquis.
Esta vez Banderas decidió esperar hasta que tuviera mejores armas para actuar.
En 1832 tenía ya suficientes armas y pólvora para aventurar cierto éxito en la guerra con los mexicanos.