Colgó las botas después de defender el escudo del Atlético Mancha Real.
Juan comenzó andadura como entrenador en la cantera del Marbella Fútbol Club y luego dirigiría a varios equipos de la Tercera División como CD Valdepeñas, Hellín Deportivo y CP Villarrobledo.
[1] En diciembre de 2014, sería cesado debido a los malos resultados del equipo cordobés.
En la temporada 2016-17 dirige al club en la Segunda División B, hasta el mes de marzo de 2017 cuando sería destituido como técnico del Atlético Mancha Real.
[4] Al término de la temporada no pudo evitar el descenso a Tercera División pese a los buenos resultados obtenidos y rechazó la oferta de renovación del conjunto balear para la siguiente temporada.