Desarrolló toda su carrera deportiva profesional en el F. C. Barcelona, donde jugó durante 19 años.
Durante toda su carrera jugó con el número 15 en la camiseta y al retirarse esta dejó de usarse en su club.
Epi se había incorporado al club a la edad de 12 años.
En 1974 se produjo un hecho que marcaría su vida: el F. C. Barcelona contrató, procedente del Kas, a su hermano mayor Herminio San Epifanio, conocido como Epi I.
“Era torpe y lento”, dijo el propio Juan Antonio al recordar aquella época.
En ese año también debutó con la selección frente a Cuba en un partido jugado en Móstoles.
Incluso el entrenador del Unicaja, Javier Imbroda, se sobrepuso a la derrota de su equipo para elogiar la figura de Epi: “Tenemos que darle las gracias por todo lo que ha hecho por el basket”, dijo.
Días después, la Generalidad de Cataluña le impuso la Medalla al Mérito Deportivo.
Epi jugó los primeros cinco minutos y falló los dos únicos tiros que intentó.
Una vez retirado de la práctica deportiva, siguió ligado al baloncesto como comentarista televisivo en Canal+ España.