Juan Antonio Andonaegui y Aguirre (Mutriku, Guipúzcoa, 1804 - Madrid, 4 de junio de 1880) fue un jurista español.

Por la primera guerra carlista tuvo que huir a San Sebastián (1834).

De 1838 a 1840 fue bibliotecario y consiliario del Colegio-Universidad de Oñate, entonces trasladado a Vitoria, y continuó como profesor cuando en 1842 fue convertido en Instituto provincial En 1845 fue catedrático de derecho romano de la Universidad de Salamanca, y en 1848 se trasladó a la Universidad de Valladolid.

En 1860 fue nombrado también catedrático de Historia eclesiástica, Concilios y Colecciones canónicas, que ocupó hasta su muerte.

Más tarde también fue nombrado decano de la Facultad de Derecho y en 1871 rector interino.