Como resultado de esa revuelta popular, se incorporó como vocal a la Junta Grande, apoyando la política del presidente y del Deán Funes.

[3]​ Brevemente ocupó la secretaría de Gobierno de la Junta cuando su titular, Joaquín Campana, debió renunciar por presión del Cabildo porteño.

[1]​ La Junta fue disuelta a fines de ese año, por orden del Primer Triunvirato, y Alagón pasó a la oposición.

[1]​ A partir del año 1820 fue miembro de la Junta de Representantes provincial, y al año siguiente fue su presidente, apoyando la política del ministro Bernardino Rivadavia.

[1]​ Fue nombrado para ocupar el cargo de senador nacional, pero no llegó a asumir por la disolución del régimen unitario.