Preso del régimen soviético, fue finalmente liberado debido a la presión de la Santa Sede y los Estados Unidos para participar en el Concilio Vaticano II.

Slipyj fue detenido junto con otros obispos en 1945 por la NKVD y condenado a reclusión, supuestamente por colaboración con el régimen nazi durante la ocupación alemana.

La Unión de Brest, el concilio interno en el que la Iglesia greco-católica ucraniana entró formalmente en comunión eclesiástica con la Santa Sede, fue revocada y se proclamó su unión con la Iglesia ortodoxa rusa.

Fue confiscada, como todos sus escritos, y fue condenado a siete años más de prisión.

A partir de 1969 muchos obispos ucranianos pidieron que Slipyj fuera nombrado Patriarca, pero el papa Pablo VI rechazó la propuesta y, en su lugar, creó el puesto de arzobispo mayor y nombró a Slipyj su primer titular.

En 1977, Slipyj consagró a Iván Choma, Stepán Czmil y Lubomyr Husar obispos sin la aprobación del papa, en un acto con aspiraciones patriarcales.

Estas consagraciones causaron mucha molestia a la curia romana, pues las consagraciones episcopales sin permiso papal se consideran ilícitos en el Derecho Canónico romano pero no en el propio de las Iglesias orientales.