Estudió en Londres, siendo alumno de John Hunter.
Se convirtió en profesor de anatomía en Londres y fundó el Brookesian Museum of Comparative Anatomy.
En 1819 se convirtió en miembro de la Royal Society, y de la Sociedad Linneana de Londres.
En 1828 describió los géneros del guepardo (Acinonyx) y del mamut (Mammuthus).
La abreviatura Brookes se emplea para indicar a Joshua Brookes como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.