Durante su estancia en Zúrich estudió la imaginería onírica, los colores, símbolos y arquetipos que Jung creía presentes en las culturas siendo así universalmente reconocibles.

Poco después se trasladó a San Francisco, llevando consigo los métodos e ideas sobre una mente colectiva inconsciente de Jung.

El Dr. Henderson practicó durante muchos años en San Francisco, donde ayudó a fundar el Jung Institute, ejerciendo como su presidente.

Su oficina fue trasladada finalmente a su hogar en Ross, California, y continuó viendo pacientes hasta que cumplió los 102.

Cuando todavía era un estudiante de medicina, el Dr. Henderson descubrió el Splendor Solis, un manuscrito iluminado conservado en la biblioteca del Museo Británico.