Ese mismo año se casa con Mathilde Altmann, con la que tendrá cinco hijos: Robert, Bertha, Margaret, Hans y Dora.
En 1871 decide terminar con su carrera universitaria para dedicarse a la atención particular de pacientes, entre los cuales se destacan personalidades como Johannes Brahms, Marie von Ebner-Eschenbach y Franz Brentano.
De esta manera, al salir del trance hipnótico, dichos síntomas histéricos iban desapareciendo uno a uno.
Este tratamiento, realizado dos veces al día, al que Anna O. solía llamar “cura por la palabra” o “deshollinación”, y que Josef Breuer denominó método “catártico”, tuvo progresos y retrocesos con relación al vínculo amoroso imaginario que la paciente había creado con su doctor.
Efectivamente, Bertha, durante casi los dos años que duró la atención, fue elaborando una transferencia afectiva con Breuer que provocaba fluctuaciones en sus estados de mejoría y empeoramiento de acuerdo a si el doctor estaba presente o no.
No obstante, esa misma noche se le solicita con urgencia en casa de la paciente, a la que descubre confusa, contorsionándose y con agudos dolores abdominales.
Escandalizado ante tal escena de embarazo psicológico, y reconociendo que el tratamiento no había surtido efecto, Breuer opta por transferir a Bertha Pappenheim al cuidado de Freud.
Sin embargo, a la larga este fracaso arrojó resultados muy positivos que Breuer y Freud aprovecharon.
Breuer se apegaba a una concepción cientificista clásica que no aceptaba la separación total entre fisiología y psicología, mientras que Freud abogaba por la creación de todo un sistema teórico nuevo para la psicología y una independencia absoluta de cualquier otra rama médica.
Por otro lado, Breuer concebía al método catártico con la hipnosis, pero sin la adopción de la “asociación libre” ni otras modificaciones y ampliaciones sugeridas por Freud.