Con dificultad las murallas fueron restauradas en 1565 gracias al apoyo del pasha de Damasco.
Desarrolló agricolamente la zona y la colonizó con los judíos venidos de Venecia, especialmente los expulsados en la campaña romana (el Papa Pablo IV no los quería allí) muchos de los cuales llegaron en barcos flotados por Nasí.
Acababa de ocupar las islas de Naxos, Andros, Milos, Paros, Santorini, y otras deponiendo al duque Giovanni IV Crispo que era su tributario pero del que sus súbditos griegos no estaban contentos.
José Nasí envió a la isla como gobernador al castellano Francisco Coronello porque era cristiano; bajó los impuestos.
Mantuvo correspondencia con Segismundo II de Polonia y obtuvo privilegios comerciales.
Francia envió un embajador, De Grandchamp, que hizo que un judío llamado David acusara a Nasí de traición, pero Nasí fácilmente convenció al sultán de su inocencia y David fue desterrado a Rodas y excomulgado por los rabinos, más tarde Nasí quiso levantar esta medida cuando el tal David se arrepintió.