Fue miembro suplente del gobierno provisional denominado Supremo Poder Ejecutivo, órgano que fue creado por el Congreso Constituyente de 1823 con el propósito de cubrir las funciones del Poder Ejecutivo de México en el período posterior a la disolución del Primer Imperio Mexicano.
Fue hecho prisionero en Valladolid, pero obtuvo su libertad ante la corte, alegando que su objetivo era restituir el gobierno de la Nueva España a Fernando VII, quien en ese entonces se encontraba derrocado por Napoleón.
[1] Cuando las autoridades virreinales tuvieron conocimiento del movimiento de Miguel Hidalgo y Costilla, Michelena fue remitido como prisionero a San Juan de Ulúa y más tarde exiliado a España, ya que se le consideraba un elemento peligroso para la pacificación de la Nueva España.
Con la consumación de la Independencia mexicana decidió regresar a México en 1821.
Retirado algunas veces de la Política descansó en su hacienda en Uruapan, Michoacán, donde introdujo por primera vez el café en México, con plantas traídas de Moca, en Yemen.