Durante su exilio, continuó su actividad musical, y ofreció diversas funciones destinadas a colaborar con la causa de la independencia nacional.
Más adelante, en 1905, Marín Varona también organizó la Banda del Cuerpo de Artillería, para la cual compuso y arregló numerosas composiciones, tales como los himnos Tributo al Maine, Himno para el Yara, Huérfanos de la Patria, Gobernador Magoon y La Independencia, entre otras.
[2][1] José Marín Varona creó la revista Cuba Musical, donde ejerció la crítica y escribió numerosos artículos sobre el quehacer artístico habaneros durante los primeros años de la República.
Marín Varona sirvió durante años como director de la orquesta del Teatro Albisu junto al director español Modesto Julián; y también colaboró regularmente, desde su fundación hasta 1912, con el famoso Teatro Alhambra, para el cual compuso obras como la zarzuela La guaracha.
[1][2] José Marín Varona fue un prolífico creador de obras musicales que incluyeron zarzuelas, romanzas, piezas infantiles para piano, popurrís y danzas, y su obra se inserta entre lo más significativo del movimiento nacionalista cubano de fines del siglo XIX.