Cuando la familia iba a subir al coche oficial, el etarra Jon Igor Solana Matarrán, que llevaba más de una hora esperando su salida, disparó seis veces, cuatro alcanzaron al político, uno de ellos en la nuca, que le provocó la muerte en el acto.

Una vez cometido el asesinato, el asesino escapó en otro vehículo donde le estaba esperando el etarra Harriet Iragi Gurrutxaga.

Martín Carpena nunca recibió amenazas, por lo que no llevaba escolta.

Acto seguido se celebró el funeral en la Catedral de Málaga, al que asistieron numerosos políticos entre los que se encontraban José María Aznar, Manuel Chaves, Ana Botella, Jaime Mayor Oreja, Jesús Posada, Javier Arenas y el alcalde Francisco de la Torre.

[1]​[2]​[3]​[4]​ Se celebró un homenaje en localidad natal en su honor 10 años después de su muerte, en 2010.