Fue el único hijo legítimo de Andrés Agustín de Orbe y Zarauz, I marqués de Valde-Espina, que murió cuando José Joaquín tenía sólo cinco años de edad.

Su madre fue María Teresa de Murguía y Arbelaiz, de la que heredó en 1783 el Señorío de Murguía situado en Astigarraga, uno de los dos señoríos territoriales situados en Guipúzcoa.

A partir de entonces, el Señorío de Murguía y su palacio quedaron ligados a los marqueses de Valde-Espina.

Murió en 1819 a los 70 años de edad.

De sus hijos varones, el único que llegó a edad adulta fue José María de Orbe y Elío, futuro marqués y destacada figura política y militar del siglo XIX.