Barkero se inició jugando al fútbol en el equipo de su pueblo, la Unión Deportiva Aretxabaleta.
En 1996, a la edad de 17 años, llegó al equipo filial, la Real Sociedad B, que jugaba por aquel entonces en Segunda División B. Barkero jugó durante las siguientes 3 temporadas en la Real Sociedad B, la primera de ellas en Segunda B y las dos siguientes en Tercera División disputando un total de 110 partidos oficiales y marcando 30 goles.
Sin embargo aquella temporada Barkero se hizo un nombre gracias a que tuvo un papel muy destacado en la Copa Mundial de Fútbol Juvenil de 1999 disputada en Nigeria, ganando el campeonato.
Su puesto en el campo estaba ocupado por Javi de Pedro y Barkero disputó 237 minutos en toda la temporada.
En la temporada 2000-01 Barkero fue cedido al Toulouse FC, equipo de la Ligue 1 francesa.
En su cuarta cesión desde que llegó a la Real, jugó con el Poli Ejido de la Segunda División Española, participando en 20 partidos.
La Real decidió no renovarle y le dejó marchar con la carta de libertad.
Barkero jugó 71 partidos y marcó 7 goles con la Real a lo largo de 7 temporadas.
En su segunda temporada (2007/08) en Albacete, se convirtió en un titular habitual y el máximo goleador del equipo.
Tras finalizar la temporada 2007/08 no le fue ofrecida la renovación y el jugador quedó libre .
Sufrió una pequeña lesión a mitad de temporada que le mantuvo seis partidos sin poder jugar.
Barkero contaba con un año más de contrato en vigor con el Levante, hasta finalizar la temporada 2013-14.