Hacia 1632 ingresó en la Compañía de Jesús, ya con una amplia educación humanística.
En 1661 el recién nombrado cronista mayor de Aragón Francisco Diego de Sayas se puso enfermo y la Diputación de Aragón buscó a Miguel Ramón Zapater para ocupar el cargo, mientras Sayas no se recuperase: «[…] y habiendo en este tiempo determinado los diputados que la continuación de la historia fuese menos detenida y se adelantase en lo posible en los reinados siguientes, quedó a cargo del cronista ordinario una parte, y la otra a la del maestro Zapater.»[2] En esa situación fue nombrado también José Pujol y Felices cronista mayor de Aragón, aunque en su caso, ad honorem, con todos los honores, pero sin ningún tipo de sueldo o derechos.
[3] La sustitución causó una agria disputa, pero De Sayas recuperó la salud y retomó su cargo, para volver a caer enfermo en 1664 y ser sustituido temporalmente por José Fernández, esta vez con aprobación de De Sayas.
De Sayas tuvo que dejar el cargo en 1669, siendo sustituido finalmente por Juan José Porter y Casanate.
[4] Fernández decidió dejar el cargo para dedicar sus fuerzas a la vida religiosa.