Su gran afición a los toros le hace actuar como torero profesional en más de 80 corridas con picadores, pero en 1933 se retira, después de sufrir tres graves cogidas y también por su escasa estatura.

Sus fotografías le gustan al operador Enrique Guerner, un judío alemán que llega a España huyendo de la persecución antisemita del III Reich, lo contrata como ayudante y se convierte en un discípulo destacado.

Durante la guerra civil, José Fernández Aguayo trabaja como reportero para la II República, lo que le origina algunas dificultades en la posguerra para incorporarse al trabajo, pero las depuraciones en el terreno cinematográfico fueron mínimas.

Así como con el realizador Rafael Gil en la etapa final y menos interesante de su irregular carrera, en títulos como ...Y al tercer año, resucitó (1980), De camisa vieja a chaqueta nueva (1982).

Aunque las mejores películas en las que colabora José Fernández Aguayo son Maribel y la extraña familia (1960), de José María Forqué, basada en la obra teatral homónima de Miguel Mihura; Mi calle (1960), la última película del gran director Edgar Neville, y la censurada película de El extraño viaje (1964), del polifacético Fernando Fernán Gómez.