En 1988 ascendió a magistrado, y un año más tarde fue nombrado juez penal en Madrid, y poco después, magistrado de la Audiencia Provincial de Madrid, cargo que ocupó hasta su muerte.

En dichas elecciones su lista fue la más votada en la provincia de León, obteniendo tres escaños frente a dos del PP, contribuyendo a la victoria del PSOE en las elecciones generales.

En su mandato al frente de interior, se caracterizó por los éxitos policiales contra la banda terrorista ETA, siendo Alonso el primer ministro del Interior en cuyo mandato no hubo víctimas mortales perpetradas por ETA.

Desde este gabinete envió las tropas del Ejército español al Líbano después de la invasión de ese país por su vecino Israel, y aumentó las tropas en Afganistán donde había efectivos desde la anterior legislatura.

Fue hospitalizado por una sospecha de ictus, un accidente cerebrovascular focalizado, que no se confirmó.