Presidió Castilla-La Mancha durante veintiún años y seis legislaturas consecutivas, venciendo siempre por mayoría absoluta.

Considerado uno de los pesos pesados del partido socialista, en el 2000 perdió las elecciones a la Secretaría General del PSOE frente a José Luis Rodríguez Zapatero por nueve votos.

[8]​ En las últimas elecciones para la Secretaría General del PSOE perdió frente a José Luis Rodríguez Zapatero por nueve votos.

[9]​ Fue ministro de Defensa (2004-2006) en el gobierno presidido por José Luis Rodríguez Zapatero.

Su primera labor en el cargo fue llevar a cabo la retirada de las tropas españolas de Irak que se realizó ordenadamente y sin contratiempos graves exceptuando un ataque puntual en el que las fuerzas españolas tuvieron que responder con fuego real matando a uno de los insurgentes.

Por esta retirada, el Consejo de Ministros le otorgó semanas después una medalla.

En agosto del 2005, diecisiete militares españoles fallecieron mientras patrullaban en helicópteros Puma 20 kilómetros al sur de Herat.

[17]​ En octubre de 2006, su nombre se barajó como candidato a la alcaldía de Madrid y, aunque en principio no rechazó tal oferta («A nadie le amarga un dulce», dijo en esta ocasión),[18]​ posteriormente la declinó, cuando algunos ya daban por hecha tal candidatura.

[25]​ En lo referente al ámbito estrictamente militar sus decisiones han recibido críticas y alabanzas.

El 2 de junio, el Partido Popular presentó una denuncia acusando a José Bono de "delitos contra la Hacienda Pública y contra la Administración Pública".

[31]​ José Bono estuvo casado con la guatemalteca Ana María Albina Rodríguez Mosquera[32]​[33]​ durante treinta años, la madre de sus cuatro hijos.