En 1907 representó a Panamá en Washington D. C. en donde suscribió el Protocolo Taft-Arango, que se estableció como adición al tratado Hay-Bunau Varilla, una cláusula para dar la facultad a Panamá de realizar arreglos bilaterales con Colombia para la definición de sus fronteras, sin la intervención estadounidense.

Integró la Junta Provisional de Gobierno de Panamá, cuyo objetivo era organizar todo lo relacionado con el surgimiento de la nueva república, junto a él la junta estaba formada por Tomás Arias Ávila y Federico Boyd.

Fue uno de los más ardientes defensores de la ratificación, por parte del Congreso colombiano, del Tratado Herrán-Hay para construir un Canal por Panamá.

Para ello entró en contacto con funcionarios destacados de la Compañía del Ferrocarril como J.R.

Cuando en 1908 José Domingo de Obaldía Gallegos resultó elegido Presidente de la República, José Agustín Arango lo acompañó como primer Designado y hasta su muerte al año siguiente se desempeñó como Secretario de Relaciones Exteriores.