Nació en México hacia 1565, hijo de Jorge de Alvarado y Estrada y Catalina de Villafañe y Carvajal.
Recibió el cargo de sargento mayor.
A fines del siglo XVI y principios del siglo XVII fue nombrado gobernador de la provincia de Honduras, cargo que anteriormente ocuparía su abuelo Jorge de Alvarado.
Casó en primeras nupcias con Brianda de Quiñones y en segundas con la guatemalteca Juana de Benavides.
Su hijo Gil de Alvarado y Benavides fue corregidor de Pacaca, Turrialba y Chirripó.