Posteriormente en 1987, logró el grado de doctor en Derecho Constitucional, también por la UNAM.
Entre los cargos que ha ostentado destacan haber sido comisionado para la paz en Chiapas durante 1994 y 1995, además fue presidente de la Federación Iberoamericana de Defensores del Pueblo y primer visitador y presidente de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos.
79 indígenas fueron sentenciados a 28 y 36 años de prisión por la matanza.
[1] Los ministros consideraron que las sentencias se basaron en pruebas obtenidas de manera ilegal y en testimonios fabricados por la Procuraduría General de la República (PGR).
[2] El exprocurador rechazó haber recibido presiones políticas, ni del (ex) Presidente (Zedillo) ni de ninguna otra persona durante el transcurso de las investigaciones.«Madrazo Cuéllar niega fabricación de pruebas».