Joonas nació en Iisalmi, Finlandia, pero pasó la última parte de su vida en Järvenpää en su casa, conocida como Villa Kokkonen, diseñada por Alvar Aalto y terminada en 1969.

Tras el fallecimiento de Uuno Klami, se le concedió un puesto en la prestigiosa Academia Finlandesa.

Tras el fallecimiento de su esposa, su producción disminuyó considerablemente y empezó a beber más.

[4]​ La mayor parte de su música antigua es música de cámara e incluye un trío con piano y un quinteto con piano; el estilo es contrapuntístico e influenciado por Bartók, pero también se remonta a modelos renacentistas y barrocos.

[5]​ En el tercer período de estilo, Kokkonen escribió la música que lo hizo famoso internacionalmente: las dos últimas sinfonías, ...durch einen Spiegel para doce cuerdas solistas, el Réquiem y la ópera, Las últimas tentaciones (1975) ( Viimeiset kiusaukset ), basada en la vida y la muerte del predicador renacentista finlandés Paavo Ruotsalainen .