Jonathan Vaughters, nacido el 10 de junio de 1973 en Boulder (Colorado), es un ex ciclista profesional y actual director deportivo del equipo ciclista EF Education First-Nippo.

Corredor profesional entre 1994 y 2002, corrió para los equipos profesionales Discovery Channel y el equipo Crédit Agricole.

Ganó la Ruta del Sur en 1999.

Dirige actualmente al equipo EF Education First-Nippo.

Además, es el presidente de la Asociación Internacional de Grupos Ciclistas Profesionales (AIGCP), con sede en Lannion (Francia).