Muy joven, antes de la Segunda Guerra Mundial, Mekas abrió un teatro junto con su hermano, Adolfas.
Durante su educación secundaria, fue estudiante del colegio Biržų Saulės gimnazija en Biržai, Lituania.
[3][4] Desde 1943 hasta 1944, trabajó para el diario Panevėžio apygardos balsas, dirigido por el Partido Nacionalista Lituano, de orientación fascista.
Durante esa época, Mekas estuvo estrechamente relacionado con la escena del cine experimental y el pop-art, al entrar en contacto con artistas como Andy Warhol, Nico, Allen Ginsberg, Yōko Ono, John Lennon o Salvador Dalí.
Además al fin se ha publicado en España (por Intermedio), parte de su filmografía: Jonas Mekas: diarios.