John Vaughan Thompson FLS (19 de noviembre de 1779, Berwick-upon-Tweed - 21 de enero de 1847, Sídney) fue un médico militar, y naturalista británico.
Después de estudiar medicina y cirugía, entró en la armada británica y sirvió en la colonia de Nueva Gales del Sur,[2] realizó travesías al Caribe, a la isla Mauricio, Madagascar, viajes por el Atlántico y por el océano Índico.
En 1816, realizó recolecciones de pequeños organismos pelágicos, utilizando telas hechas de muselina.
Se interesó en diversos temas como la metamorfosis en invertebrados marinos y el fenómeno de la bioluminescencia.
Partió a Australia, en 1835, para dirigir el Hospital de la prisión de Sídney.