Permaneció su infancia en ese país hasta los once años,[1]​ edad en la cual partió junto a sus padres, quienes se desempeñaban como misioneros de la Misión Latinoamericana (Iglesia protestante).

Estudió en el Wheaton College en Illinois y posteriormente en la Juilliard School of Music con Jean Morel.

[3]​ Es ampliamente reconocido como un gran intérprete de obras monumentales del Periodo romántico, por sus interpretaciones operísticas (en particular las del compositor Hector Berlioz), así como las de composiciones del Periodo Barroco.

Regularmente dirige orquestas en la mayoría de las ciudades más importantes del mundo.

John Nelson también es reconocido por su interés en el música coral y actualmente es director musical de la organización artística Soli Deo Gloria, la cual tiene el fin de promover la música coral sacra en escenarios en los que nos es habitualmente escuchada.