Ese mismo año fundó un periódico semanal llamado The Western Star en la ciudad de Lebanon (capital del Condado de Warren) donde ejercía como abogado.

El principal rival de McLean en la elección interna partidista republicana era John C. Frémont, un popular exsenador por California al Senado de los Estados Unidos y exmilitar, héroe de la Intervención estadounidense en México (en la que tuvo una participación decisiva en la conquista de California por los estadounidenses) y además un explorador y aventurero del Salvaje Oeste.

En la votación formal que se celebró después, Frémont obtuvo los votos de 520 delegados y McLean obtuvo 37 votos, mientras que 9 delegados se abstuvieron.

Sin embargo, en esa ocasión su precandidatura tuvo mucho menos apoyo que la vez anterior.

En la segunda votación obtuvo 8 votos y estuvo por detrás de cinco aspirantes.

En su larga etapa como magistrado de la Corte Suprema, John McLean tuvo tiempo de dejar un importante legado en las decisiones judiciales del alto tribunal; pero donde se hizo más famoso ese legado fue en su posición frente a la esclavitud.

La sentencia declaraba que las personas de ascendencia africana jamás podrían ser consideradas ciudadanos de los Estados Unidos ya que pertenecían a una raza inferior que nunca podría relacionarse socialmente con las personas de raza blanca.

Además negaba el poder del Congreso de los Estados Unidos para prohibir la esclavitud en los territorios incorporados y dictaminaba que los blancos no podían ser privados de la propiedad de sus esclavos sino por un proceso legal, como pasaba con cualquier bien mueble.

Al permitir entonces que un propietario de esclavos pudiera conservar la propiedad sobre ellos aunque los llevara a estados o territorios "libres" (aquellos donde la esclavitud estaba prohibida por ley) la sentencia legalizaba en la práctica la esclavitud en todo el país, algo inaceptable para la opinión pública norteña.