La polémica se volvió acerba tras la publicación de El hongo sagrado y la cruz (1970), un libro cuya tesis principal sorprendió a todos e indignó a muchos: según Allegro, el personaje que los Evangelios llaman Jesús nunca tuvo existencia histórica, y es en realidad una forma de referirse en clave a la Amanita Muscaria, enteógeno que los esenios y otros grupos religiosos judíos utilizaban para entrar en comunión con la divinidad.

Tras la victoria aliada, en un primer momento pensó ordenarse como sacerdote metodista, pero finalmente eligió la filología.

Allegro pensaba que los manuscritos podrían ayudar a comprender el origen común de las tres religiones del Libro: el judaísmo, el cristianismo y el islam.

Sin embargo, sus colegas adoptaron un enfoque distinto, y hasta 1991 apenas se publicó material original nuevo, dando pie a todo tipo de especulaciones, así como a las quejas de otros científicos.

En un primer momento, el resto del equipo apoyó sus esfuerzos, encaminados a conseguir una financiación estable para la investigación.

[2]​ Cuando Allegro publicó en 1968 la traducción oficial de los materiales que el equipo le había asignado, Discoveries in the Judaean Desert of Jordan vol.

Tanto el Maestro de Justicia como Cristo eran líderes mesiánicos que sufrían persecución y muerte.

Allegro, en cambio, consideraba el Nuevo Testamento como una hábil fusión de materiales folclóricos, míticos, mágicos e históricos.

Allegro encontró un enemigo inesperado en R. Gordon Wasson, especialista en hongos enteógenos, que había defendido anteriormente la identificación del soma hindú con la amanita.

En este libro tardío, Allegro examina el tema de la luz divina y su continuidad desde la religión solar egipcia hasta los gnósticos, pasando por el Nuevo Testamento.