John Flanagan emigró a los Estados Unidos en 1896.
En estos años ya había establecido el récord del mundo en lanzamiento de martillo.
Finalmente, en Londres 1908, ganó su tercer oro en martillo, estableciendo un nuevo récord del mundo con 170 pies, 4,5 pulgadas.
John Flanagan también compitió en tira y afloja.
El 24 de julio de 1909, Flanagan estableció su último récord del mundo con 56,18 metros.