Tras la muerte del rey, intentó colocar en el trono a su nuera Juana Grey, sobrina en segundo grado de Isabel I y casada con su hijo Guilford Dudley.[3] Mientras, se fortalecía el partido reformista, del que fue líder junto a Edward Seymour.A juzgar por las cartas que se conservan, John era un hombre de familia, buen esposo y padre.[4] En 1549, los agricultores de toda Inglaterra, encabezados por Robert Kett, se rebelaron contra las políticas agrarias instauradas por el consejo.Sin embargo solo 12 de los prisioneros fueron condenados a muerte, y al ser consultado por esta insólita clemencia contestó: «¿No hay lugar para el perdón?...¿Vamos a tomar el arado nosotros mismos, empujar las carretillas y trabajar la tierra con nuestros propias manos?».Dudley todavía tenía tropas en el norte y en octubre de 1549 las puso a disposición del Consejo, uniéndose al excanciller Thomas Wriothesley para liderar un golpe de Estado y derrocar a Edward Seymour.Inmediatamente comenzaron a circular rumores de supuestos complots: se le acusó de haber planificado una masacre en un banquete, durante el cual se pretendía asaltar el Consejo y asesinar a Dudley.[14] William Cecil, que todavía se hallaba al servicio de Somerset cuando fue gradualmente basculando su lealtad hacia Dudley, fue nombrado secretario de estado, puesto en el que trabajaba en estrecho contacto con el rey Eduardo.Cuando alcanzó los 14 años, Eduardo dejó de necesitar la firma de los miembros del consejo para avalar la suya,[17] y a menudo celebraba reuniones informativas con un grupo de consejeros que él mismo elegía, en el que siempre se incluían los principales administradores del Consejo y el propio Northumberland.[24] Aunque se celebraron magníficas fiestas, estas alianzas no fueron vistas con suspicacia en un principio, ni siquiera por los más desconfiados observadores.En algún momento, durante su enfermedad, Eduardo escribió un documento donde describía cómo debía ser su sucesión.Por otra parte, tanto María como su hermana Isabel habían sido declaradas ilegítimas por su padre, Enrique VIII.[26] Sin embargo, el mismo rey había promulgado la III ley de sucesión, que las nombraba herederas sucesivas del trono a condición de que no se casaran sin el permiso del Consejo Privado.No está claro hasta qué punto este cambio en el testamento real estuvo influenciado por Dudley, pero hubo fuertes sospechas de que había sido el instigador junto con otros miembros de la cámara del rey.[29] Además, fue él quien supervisó la copia del testamento[30] y lo consultó personalmente con varios abogados.[32] La princesa, informada del estado de su hermanastro, se había trasladado unos días antes a Anglia Oriental, donde tenía grandes latifundios,[33] para reunir un ejército.En estas circunstancias, Dudley se dio cuenta de lo inútil que era intentar luchar contra María.
«Mis pensamientos sobre la sucesión», documento escrito por Eduardo VI donde nombra a sus herederos.