Su nombre de nacimiento fue "Jöns Månsson", pero fue luego reemplazado por el epíteto latino "Magnus" ("grande").En realidad, escritos contemporáneos citan que tanto él como su hermano Olof pertenecían al clan Svinefot ("Pie de Cerdo").Cuando Magnus estaba a punto de viajar a Roma para ser ordenado, llegó una bula papal del Papa Clemente VII, indicando que el arzobispo previo Gustav Trolle, que había sido exiliadlo por el rey, debía ser reintegrado a su cargo.Pronto sin embargo, Johannes Magnus se rebeló declarando su descontento con las enseñanzas luteranas esparcidas por Laurentius Petri y el hermano de este Olaus Petri, con la aquiescencia del Rey Gustavo Vasa.Su hermano, Olaus Magnus, había viajado mientras tanto a Roma para explicar el asunto de Gustav Trolle al Papa.
