En 1775 se mudó al Gymnasium Jesuita en Múnich, donde tomó estudios de composición con Joseph Schlett.
Convencido de que su instrucción musical no estaría completa hasta estudiar en Italia, en 1803 viajó a Vicenza como aprendiz de Johann Simon Mayr, estudiando también en Venecia (1810) y Milán (1811).
Entonces se dedicó a revivir antigua música sacra italiana, estudiando a los antiguos maestros e interpretando sus obras, además de componer mucha música de iglesia.
Junto a Michael Hauber y Caspar Ett, fue pieza clave en la recuperación de la música sacra antigua.
En su ópera de dos actos Rodrigo und Chimene (1821) Aiblinger adoptó el estilo de la ópera seria desarrollado por Cherubini, Spontini y Mayr, con emocionantes corales, rica instrumentación y pasajes vistosos para los solistas.