Las ideas principales que guiaron sus reflexiones antropológicas fueron las relacionadas con las investigaciones sobre antiguas religiones basadas en deidades femeninas y el culto a la fertilidad.

[2]​[3]​ Se lo recuerda principalmente por su teoría de las sociedades matrifocales (en alemán, Mutterrecht, que significa literalmente «derecho materno»),[4]​ título de su fecunda obra El matriarcado: una investigación sobre el carácter religioso y jurídico del matriarcado en el mundo antiguo (1861).

Concluyó el trabajo conectando el derecho arcaico de la madre con la veneración cristiana a la Virgen María.

Las conclusiones de Bachofen sobre las sociedades matrifocales arcaicas todavía encuentran eco hoy en día.

El libro inspiró a varias generaciones de etnólogos, filósofos sociales e incluso escritores: Friedrich Engels, que utilizó a Bachofen para El origen de la familia, la propiedad privada y el Estado, Thomas Mann, Erich Fromm, Robert Graves, Rainer Maria Rilke, Lewis Henry Morgan, Jane Ellen Harrison, que se sintió inspirada por Bachofen para dedicar su carrera a la mitología, Joseph Campbell, Otto Gross, Franz Mayr y Julius Evola.